El sistema de clasificación filogenético no funciona igual que el sistema tradicional.

I. Fijando las categorías

La clasificación filogenética tiene dos ventajas principales frente al sistema linneano. La primera es que la clasificación filogenética informa de algo importante sobre el organismo: su historia evolutiva. La segunda es que la clasificación filogenética no trata de dar «rangos o posiciones» a los organismos, al contrario que la clasificación de Linneo, que «categoriza» grupos de organismos artificialmente en reinos, filos, órdenes, etc. Esto puede ser engañoso, ya que parece que sugiere, por ejemplo, que la familia de los felinos es comparable de alguna forma a la de las orquídeas. Pero no son comparables:

• Es posible que la historia de una familia sea más larga que la de otra. Los primeros representantes de la familia de los felinos, Felidae, vivieron probablemente hace 30 millones de años, mientras que las primeras orquídeas podrían haber vivido hace más de 100 millones de años.
• Puede que tengan un grado de diversidad diferente. Hay unas 35 especies de felinos y unas 20 000 de orquídeas.
• Es posible que tengan grados distintos de diferenciación biológica. Muchas orquídeas que pertenecen a géneros distintos pueden hibridar. Pero los felinos no: los gatos domésticos (que pertenecen al género Felis) y los leones (que pertenecen al género Panthera) no pueden formar híbridos.

Sencillamente, no hay ninguna razón para pensar que dos grupos cualquiera que estén en una categoría idéntica son comparables y el sistema linneano es engañoso en la medida en que sugiere que sí lo son.

II. Fijando los nombres

Los biólogos se ocupan de la clasificación filogenética haciendo que disminuya la atención a las categorías y reasignando nombres, de manera que se refieran sólo a clados. Esto significa que la forma en que utilizamos los nombres científicos no tiene por qué cambiar mucho. En muchos casos, los nombres linneanos son perfectamente válidos en el sistema filogenético. Por ejemplo, Aves, que es la clase de las aves en el sistema linneano, se utiliza también como nombre filogenético, dado que las aves forman un clado (derecha).

La mayoría de los nombres de especie que se suelen utilizar (p. ej, Homo sapiens, Drosophila melanogaster) no han cambiado en absoluto con el paso a la clasificación filogenética.

Sin embargo, hay algunos nombres de la clasificación linneana que no funcionan en una clasificación filogenética. Por ejemplo, los reptiles no forman un clado — a menos que se cuenten también en él a las aves.