Es probable que los cambios durante el desarrollo hayan estado implicados en cambios morfológicos importantes — como la evolución de estructuras complejas y novedosas.

He aquí algunas de las clases de cambios durante el desarrollo que han sido importantes:

• Adaptación y duplicación de módulos
  Un módulo hace referencia a una unidad que puede duplicarse para luego adaptarse. Por ejemplo, los artrópodos tienen distinto número de segmentos corporales: la duplicación y la pérdida de segmentos es un cambio del desarrollo que probablemente sucedió en múltiples ocasiones durante la evolución del clado. El gráfico de abajo muestra un ejemplo hipotético de duplicación y adaptación de un módulo.
  
• Individualización
  Se trata de la modificación de un módulo concreto, normalmente cuando hay selección para una función especializada.

  

• Heterocronía
  La heterocronía es un cambio en el desarrollo cronológico de los sucesos del desarrollo. Por ejemplo, un cambio en el desarrollo cronológico puede ralentizar el desarrollo corporal, sin alterar la maduración del aparato reproductor. Este cambio da lugar a un organismo adulto con una forma similar a la forma juvenil ancestral.

  

  Las salamandras pasan por una fase larvaria en la que tienen unas branquias externas plumosas (izquierda). La mayoría de las salamandras pierden esas branquias cuando se metamorfosean en adultos (centro) pero, debido a la heterocronía, los ajolotes (un tipo de salamandra mejicana), retienen actualmente las agallas externas juveniles en la etapa de adultos reproductores (derecha).

• Crecimiento alométrico

  

  El crecimiento alométrico es un cambio en la velocidad de crecimiento de una dimensión o rasgo en relación con otros rasgos. Por ejemplo, podemos describir algunos de los cambios evolutivos que dieron lugar a los murciélagos en términos de alometría. Las alas de los murciélagos son, básicamente, patas con unos dedos extremadamente largos y piel que se extiende entre ellos. Para que estas alas evolucionaran, la velocidad de crecimiento de los huesos de los dedos debe de haber aumentado en relación con el crecimiento del resto del cuerpo del murciélago — o tal vez la velocidad de crecimiento del resto del cuerpo haya disminuido en relación con los dedos. En cualquier caso, se trata de alometría.