Мутациуд нь хэд хэдэн шалтгаанаас үүсдэг.

1. ДНХ нь аяндаа задардаг  эсвэл  яг зөв хуулбарлагддаггүй. 
   Бидний бодлоор хувьсалд нөлөөлдөг ихэнхи мутаци нь байгалиасаа тохиолддог. Жишээ нь: Эс хуваагдах үед түүний ДНХ-ийн хуулбар үүсдэг бөгөөд заримдаа ДНХ нь яг 100 хувь хуулбарлагддаггүй. Анхны ДНХ-ийн гинжин хэлхээнээс гарсан энэ жижиг өөрчлөлт нь мутаци юм. ДНХ нь аяндаа задарсаар мутацийн шалтгаан болдог.
   
2. Мутаци үүсгэх гадны нөлөөлөлүүд
   Тусгай химийн бодис эсвэл цацраг идэвхит туяа гэх мэт гадны нөлөөллийн улмаас ДНХ задарч  мутаци үүсч болдог. Эсүүдэд гэмтлийг засах эсвэл ДНХ-ийн молекул өөрчлөгдөх механизмууд явагддаг боловч тэд 100 хувь байдаггүй. Шалтгаан нь ямарч байсан эс нь анхныхаас арай өөр ДНХ-ийн гинжин хэлхээг тээж байгаа үед мутаци үүсдэг.