Después de estudiar algunos de los principales linajes de vertebrados y de limitar los datos a los caracteres que es probable que sean homólogos, podrías acabar con las siguientes pruebas (para simplificar hemos excluido de este ejemplo muchos linajes de vertebrados y muchos caracteres):

Del estuido de fósiles y linajes emparentados estrechamente con el clado de los vertebrados, hemos hipotetizado que el antepasado de los vertebrados no tenía ninguno de los siguientes rasgos:

Para construir un árbol filogénético a partir de estos datos, debemos basar los clados en los caracteres derivados compartidos y no en los caracteres ancestrales compartidos. Esto no es difícil, ya que tenemos una idea bastante clara de cuáles son los caracteres ancestrales (tabla de arriba). Podemos empezar por examinar el carácter «huevo». Nos fijamos en el el grupo de linajes que comparten la forma derivada de este carácter (el huevo amniótico) y planteamos la hipótesis de que forman un clado:

Si hacemos lo mismo con todo el cuadro y agrupamos los clados en base a los caracteres derivados compartidos, obtenemos la siguiente hipótesis:

Por supuesto, esto ha sido sólo un ejemplo del proceso de creación de los árboles; ya que, en general, los árboles filogenéticos se basan en muchos más caracteres y suelen incluir más linajes. Por ejemplo, los biólogos que reconstruyeron las relaciones entre 499 linajes de espermatófitos (plantas con semilla) empezaron con más de 1 400 caracteres moleculares.

¿Qué es la parsimonia?

El proceso de creación de los árboles, que hemos explicado antes, se basa en el principio de la parsimonia. Este es un principio básico de la ciencia que nos dice que elijamos la expicación científica más sencilla que se ajuste a las pruebas. Aplicado a la creación de árboles, significa que la mejor hipótesis es aquella que requiere menos cambios evolutivos.

Por ejemplo, podemos comparar las siguientes hipótesis sobre las relaciones de los vertebrados aplicando el principio de la parsimonia:

La Hipótesis 1 necesita seis cambios evolutivos, y la Hipótesis 2 necesita siete y que el esqueleto óseo evolucione de manera independiente en dos ocasiones. Aunque ambas se ajustan a los datos disponibles, el principio de la parsimonia dice que la Hipótesis 1 es mejor porque no hipotetiza cambios complicados sin necesidad.

Este principio estaba implícito en el proceso de creación de árboles que vimos anteriormente. Sin embargo, la mayoría de las veces los datos son más complejos que los que hemos utilizado en nuestro ejemplo y pueden indicar varias hipótesis filogenéticas diferentes. En esos casos, el principio de la parsimonia puede ayudarnos a elegir entre ellas.