Pasar de ser un simple óvulo fecundado a una mosca en el transcurso de una pocas semanas es una transformación asombrosa. Para ello tienen que suceder muchas cosas: debe trazarse la forma del cuerpo (cabeza/cola, espalda/vientre), deben construirse distintos tejidos y los órganos deben crecer. La mosca adulta está formada por muchas partes muy diferentes, hechas de células diferentes — pero cada una de las células lleva las mismas instrucciones genéticas: ¿cómo «sabe» qué hacer?

• Ciertos genes regulan dónde y cuándo se expresan otros genes
  No todos los genes codifican el «material de construcción» que son las proteínas (como la queratina, que forma parte de la piel, o la rodopsina, que hace que los ojos sean sensibles a la luz). Los genes reguladores controlan cuándo y dónde se activan otros genes. Por ejemplo, este tipo de genes dicen a las células de la mosca cuándo y dónde empezar a construir alas durante la fase larvaria, en los segmentos segundo y tercero del tórax. Los genes reguladores dan comienzo a una «reacción en cadena» de efectos, que activa y desactiva otros genes, cuyos productos afectan a otros genes, cuyos productos, a su vez, afectan a otros genes y así sucesivamente. Un único gen regulador puede, de esta forma, controlar la construcción de una parte del cuerpo tan compleja como puede ser una pierna o un ojo.

El diagrama de arriba ilustra cómo el gen de control maestro regula otros genes que, a su vez, regulan otros genes.
• En células diferentes se expresan genes diferentes
  Por ejemplo, las células de los ojos activan los genes que fabrican las proteínas necesarias para la visión, pero las células que tapizan el tubo digestivo no activan esos genes, sino que activan genes que fabrican enzimas digestivas.

• Las señales químicas también influyen en el destino de las células
  Las señales químicas del ambiente y de las otras células pueden influir en qué genes se activan en una célula determinada. Por ejemplo, en el desarrollo del ojo de los vertebrados, las señales químicas de la retina son, probablemente, las responsables de que las células adyacentes se transformen en células del cristalino, en lugar de en cualquier otro tipo de células. Vemos aquí un diagrama del desarollo normal de la cápsula óptica, de la cual forma parte la retina. Como consecuencia de este desarrollo, manda señales a las células cercanas, haciendo que formen un cristalino a partir del epitelio. Los dibujos, debajo, ilustran qué sucede en el desarrollo del cristalino si se extirpa, se trasplanta o se sustituye por otro tejido la cápsula óptica.