La especiación peripátrica es una versión especial del tipo de especiación alopátrico y sucede cuando una de las poblaciones aisladas tiene muy pocos individuos. He aquí un ejemplo muy hipotético de cómo funciona el tipo de especiación peripátrico. Volviendo a nuestras intrépidas moscas de la fruta que se aventuraban lejos del continente sobre un racimo de plátanos putrefactos, retomemos su historia en el punto en que el racimo es arrastrado hasta una isla:

1. Un desastre doble: Ahora, las moscas de la fruta de la isla no sólo están aisladas geográficamente de sus parientes del continente, sino que además sólo unas pocas larvas han sobrevivido al vertiginoso viaje y han acabado colonizando la isla.

2. Sobreviven genes poco frecuentes: Estos pocos supervivientes tienen, simplemente por casualidad, genes que son poco frecuentes en la población del continente. Da la casualidad de que uno de esos genes poco frecuentes causa una ligera variación en la danza de apareamiento y otro produce una pequeña diferencia en la forma de los genitales masculinos. Este es un ejemplo del efecto fundador.

3. Las frecuencias génicas derivan: Estas pequeñas diferencias, que son infrecuentes en el continente, derivan hasta quedar fijadas en la pequeña población de la isla en el transcurso de unas pocas generaciones (es decir, la población de la isla al completo acaba teniendo esos genes).

4. Más cambios: A medida que la población de la isla crece, las características reproductoras de la isla dan lugar a una cascada de cambios causados por la selección sexual. Estos cambios optimizan, o al menos mejoran, la adaptación de los genitales masculinos y femeninos entre sí y la sensibilidad femenina a pequeñas diferencias en el ritual de apareamiento. Las moscas también experimentan selección natural, que favorece a los individuos que mejor se adaptan al clima y la comida de la isla.

5. Especiación: Después de varias generaciones, las moscas de la isla quedan aisladas reproductivamente de las moscas del continente; se ha producido una especiación peripátrica.

En la especiación peripátrica, el pequeño tamaño poblacional hace que la especiación completa sea un resultado más probable del aislamiento geográfico, debido a que la deriva genética actúa más rápido en las poblaciones pequeñas. La deriva genética y, tal vez, unas fuertes presiones selectivas causarían un cambio genético rápido en la pequeña población. Este cambio genético podría conducir a la especiación.

La característica esencial de este tipo es que la deriva genética desempeña un papel en la especiación. Es probable que haya muchos casos en los que una población se divide en dos poblaciones de distinto tamaño y se vuelven especies independientes; sin embargo, es muy difícil para nosotros decir, después de que haya sucedido, cuál fue el papel que desempeñó la deriva genética en la divergencia de las dos poblaciones, por lo que reunir pruevas que apoyen o refuten este tipo de especiación es un reto.