Por lo que se refiere a la reproducción, las plantas tienen muchas más opciones que los animales. Muchas plantas pueden reproducirse sexualmente, fecundando a otros individuos o a sí mismas, y asexualmente, mediante la creación de clones de sí mismas mediante la reproducción vegetativa, mientras que la mayoría de los animales sólo se reproducen sexualmente.

Igualmente, las plantas tienen más opciones en cuanto a la especiación que los animales. Hay dos tipos de especiación que son particularmente comunes en las plantas:

• La especiación mediante hibridación: Por ejemplo, cuando Loren Rieseberg y sus colaboradores reconstruyeron la filogenia de varias especies de girasol, descubrieron que varias especies se habían formado por fecundación entre otras especies. Es frecuente que los descendientes híbridos de tales fecundaciones sean estériles, pero en ocasiones son fértiles y están aislados reproductivamente de sus especies «progenitoras». En este último caso, se forma una nueva especie.

• Especiación mediante cambios en la ploidía: Desde el punto de vista de la especiación de las plantas, un cambio de ploidía significa, por lo general, la multiplicación del número de cromosomas que tiene la especie por cierto número. Así, una especie que normalmente tiene 18 cromosomas podría producir un linaje que tenga 36 o 54 cromosomas. Los cambios en el número de cromosomas son frecuentes en las plantas y a menudo dan lugar a una especie aislada reproductivamente y diferenciada de la especie parental. Por ejemplo, en la especiación de estas anémonas estuvo implicado un cambio de ploidía.