En una población «perfecta» no habría ningún gen deletéreo — pero, como ya hemos visto, la selección natural no forma poblaciones perfectas.

Se esperaría que la selección natural eliminara los genes con efectos negativos de unapoblación. Los individuos que llevaran esos genes no se reproducirían en la misma medida, por lo que los genes no deberían transmitirse. Aún así, se ven casos en los que no se cumple este pronóstico. Por ejemplo, en las poblaciones humanas existen, por lo general, algunos genes causantes de enfermedades que afectan a la reproducción.

¿Por qué existirían genes deletéreos en una población?

• Puede que se mantengan por una ventaja del heterocigoto

  

  Cuando llevar dos copias de un gen es una desventaja pero llevar sólo una copia es una ventaja la selección natural no eliminará el gen de la población, ya que la ventaja que confiere en su estado heterocigótico hace que permanezca. Por ejemplo, el gen que causa la anemia drepanocítica es dañino si se llevan dos copias de él, pero si sólo se tiene una copia y se vive en un lugar en el que la malaria es común, el gen es ventajoso porque confiere resistencia a la malaria.

• Puede que no disminuyan realmente la eficacia biológica
  Algunos trastornos genéticos sólo ejercen sus efectos en etapas tardías de la vida, después de la reproducción. Por ejemplo, es característico del gen que causa la corea de Huntington no ejercer sus efectos devastadores hasta después de los principales años fértiles de la persona. Tales genes no sufrirán una fuerte selección en su contra, debido a que la eficacia biológica de un organismo está determinada por los genes que deja en la siguiente generación y no por la duración de su vida.
• Pueden mantenerse por mutación
  Puede que la mutación continúe apareciendo en la población, incluso aunque la selección la vaya eliminando. Por ejemplo, la neurofibromatosis es una enfermedad genética que causa tumores en el sistema nervioso. La selección natural no puede eliminar completamente el gen que causa esta enfermedad debido a que surgen nuevas mutaciones con relativa frecuencia (en quizás 1 de cada 4 000 gametos).
• Pueden mantenerse por el flujo génico
  Puede que el gen sea frecuente, y no dañino, en un hábitat cercano. Si la migración desde la población cercana es frecuente, podremos observar el gen dañino en la población de interés. Por ejemplo, en lugares como los EEUU, donde no existe la malaria, el gen que causa la la anemia drepanocítica es estrictamente desfavorable. Sin embargo, en muchos lugares del mundo el gen que causa la la anemia drepanocítica es más frecuente debido a que ser portador de una sola copia confiere resistencia a la malaria. La migración humana hace que este gen se encuentre en poblaciones de todo el mundo.
• Puede que la selección natural todavía no haya tenido tiempo de eliminarlos
  La dirección de la selección cambia cuando cambia el ambiente — lo que era ventajoso o neutro hace diez generaciones puede ser dañino hoy en día. Es posible que algunos de los genes dañinos que observamos en las poblaciones naturales estén desapareciendo, pero la selección todavía no los haya eliminado por completo. Por ejemplo, aunque hay discusión sobre el asunto, algunos investigadores han propuesto que la frecuencia relativamente alta en las poblaciones europeas del gen que causa la fibrosis quística es un remanente histórico de un tiempo en el que el cólera estaba más difundido en estas poblaciones. Se ha propuesto que ser portador del gen de la fibrosis quística proporcionaba cierta resistencia al cólera y por eso aumentó su frecuencia en las antiguas poblaciones europeas. Ahora que estas naciones desarrolladas ya no están amenazadas por el cólera y el ambiente selectivo ha cambiado, puede que la selección natural vaya eliminando lentamente el gen de la fibrosis quística de esas poblaciones.