El equilibrio puntuado es un modelo importante sobre cómo se produce el cambio evolutivo, pero a menudo se ha malinterpretado. El equilibrio puntuado no:

• Sugiere que la teoría de la evolución por selección natural de Darwin está equivocada.
• Quiere decir que la conclusión fundamental de la la teoría evolutiva, que la vida es antigua y los organismos comparten un antepasado común, ya no se sostiene.
• Niega los trabajos anteriores sobre cómo actúa la evolución por selección natural.
• Implica que la evolución solamente sucede en rápidas explosiones.

El equilibrio puntuado predice que una gran parte del cambio evolutivo tiene lugar en periodos breves unidos a episodios de especiación. He aquí un ejemplo de cómo funciona el modelo:

1. Estasis: Una población de moluscos se encuentra en un estado de estasis, viviendo, muriendo y quedando fosilizados cada pocos cientos de miles de años. A juzgar por estos fósiles, parece que está produciéndose poca evolución observable.

2. Aislamiento: Un descenso en el nivel del agua hace que se forme un lago y aísla a unos pocos moluscos del resto de la población.

3. Selección intensa y cambio rápido: La población pequeña y aislada experimenta una selección intensa y un cambio rápido debido al ambiente novedoso y al pequeño tamaño poblacional El ambiente del lago recién formado ejerce nuevas presiones selectivas sobre los moluscos aislados, además, su pequeño tamaño polacional hace que la deriva genética influya en su evolución. La población aislada experimenta un cambio evolutivo rápido que se basa en el modelo de especiación peripátrica.

4. Ausencia de conservación: No se conserva ningún fósil de las formas de transición debido a su tamaño poblacional relativamente pequeño; a la velocidad del cambio y a su situación aislada.

5. Reintroducción: El nivel del mar se eleva, permitiendo que los moluscos aislados se reúnan con su linaje hermano.

6. Expansión y estasis: La población aislada se expande por toda su área de distribución anterior. El mayor tamaño poblacional y un ambiente estable hacen que los cambios evolutivos sean menos probables. La rama que estaba aislada del linaje de los moluscos podría superar en la competencia a la población ancestral, haciendo que se extinguiera.

7. Conservación: Un mayor tamaño poblacional y un área de distribución más grande nos llevan de nuevo al paso 1: estasis con conservación ocasional de fósiles.

Este proceso daría lugar al siguiente patrón en el registro fósil:

Parece que la evolución sucede en saltos bruscos asociados a episodios de especiación. Se ven patrones así en los registros fósiles de muchos organismos; por ejemplo, los registros fósiles de ciertos foraminíferos (protistas unicelulares con concha) son coherentes con un patrón puntuacionista.

Sin embargo, también es importante darse cuenta de que en el registro fósil encontramos, además, ejemplos de evolución gradual y no discontinua. La pregunta que requiere una respuesta es:¿cuáles son las frecuencias relativas del cambio puntuacionista y del cambio gradual?