El concepto biológico de especie tiene sus limitaciones (aunque funciona bien para muchos organismos y ha sido muy influyente en el progreso de la teoría evolutiva). Para abordar algunas de estas limitaciones se han propuesto muchos otros «conceptos de especie», como por ejemplo:

• El concepto de reconocimiento de especie: una especie es un conjunto de organismos que se reconocen entre sí como parejas potenciales. Aunque se haya impedido que estas dos ranas se apareen, el hecho de que se reconozcan entre sí como posibles parejas hace que sean de la misma especie bajo el concepto de reconocimiento de especie.
• Concepto fenético de especie: una especie es un grupo de organismos que son fenotípicamente similares y que parecen diferentes de otros grupos de organismos. Según este concepto, el parecido fenotípico es lo único que importa a la hora de identificar especies diferentes. Por lo tanto, dado que las ranas representadas aquí tienen el mismo aspecto (aunque no pueden aparearse entre sí), serían consideradas la misma especie de acuerdo al concepto fenético de especie.
• El concepto filogenético de especie: una especie es la «punta» de una filogenia, es decir, el conjunto de organismos que comparte un antepasado y que puede distinguirse de otros conjuntos similares. Según esta definición, una especie anillo es una única especie que abarca una gran variabilidad fenotípica. En este ejemplo, los linajes A y B de la salamandra Ensatina son especies diferentes. Cada uno de ellos tiene un antepasado común que no comparten los individuos de otras especies. Incluso aunque se haya diversificado mucho, el linaje C es una única especie según el concepto filogenético de especie. Ninguna de las subespecies del linaje C tiene un sólo antepasado común independiente de las otras subespecies.

La elección de un concepto de especie por un investigador a menudo refleja el centro de interés de su investigación. Para tomar esa decisión el científico necesita comprometerse con un concepto de especie. Para la mayoría de los propósitos y para la comunicación con el público general se utiliza el concepto biológico de especie.