El desarrollo de un linaje puede limitar las clases de fenotipos que pueden evolucionar a partir de él. Esta limitación se llama restricción del desarrollo.

La idea de restricción nos ayuda a explicar por qué algunas cosas que pensamos que serían ventajosas no sucedieron en la evolución: por qué ningún tetrápodo ha evolucionado más de cinco dedos reales, por qué ninguna oruga ha evolucionado para tener el ojo compuesto de las mariposas adultas y por qué los cerdos no tienen alas. Aunque es difícil averiguarlo, es probable que las respuestas a estas preguntas tengan relación con los procesos del desarrollo de los tetrápodos los insectos y los cerdos. Quizás estas características interrumpirían otros aspectos del desarrollo del organismo con resultados letales — o quizás estas características requerirían tantos cambios drásticos en el desarrollo que es improbable que surjan por mutación.

Veamos un ejemplo con más detalle, los caballos (y todos los tetrápodos, desde los perezosos hasta las salamandras) pasan en su desarrollo por un estadio en el que el embrión tiene extremidades con cinco dedos, incluso aunque algunos de ellos vayan a perderse o a modificarse en gran medida. Podría pensarse que sería una ventaja para los caballos desarrollar pezuñas directamente, pero no lo hacen — mantienen el estadio del desarrollo de cinco dedos. La explicación puede estar relacionada con la naturaleza del desarrollo — puede que saltarse el estadio de cinco dedos, simplemente, no sea una opción en los procesos de desarrollo de los tetrápodos.