La clave de la especiación es la evolución de diferencias genéticas entre las especies incipientes. Para que un linaje se divida irreversiblemente, las dos especies incipientes deben tener diferencias genéticas que se expresen de alguna forma que haga que no se produzcan apareamientos entre ellas o que, de producirse, sean infructuosos. No hace falta que se trate de enormes diferencias genéticas, un pequeño cambio en el desarrollo cronológico, la localización o los rituales de apareamiento podrían ser suficientes. Pero, eso sí, es necesario que haya alguna diferencia. Este cambio podría producirse por selección natural o por deriva genética.

Es probable que la disminución del flujo génico desempeñe un papel crítico en la especiación. Los tipos de especiación se clasifican normalmente de acuerdo a cuánto contribuye la separación geográfica de las especies incipientes a la disminución del flujo génico. En el siguiente cuadro se comparan algunos de estos tipos de especiación.

Alopátrica (alo = otro, pátrica = patria): Las nuevas especies se forman por poblaciones aisladas geográficamente.

Peripátrica (peri = alrededor de, pátrica = patria): Las nuevas especies se forman por una población pequeña aislada en el extremo de otra población más grande.

Parapátrica (para = junto a, pátrica = patria): Las nuevas especies se forman por una población con una distribución continua.

Simpátrica (sim = unión, pátrica = patria): Las nuevas especies se forman por dentro del área de distribución de la población ancestral.