Si especies diferentes comparten ancestros comunes, esperaríamos que los seres vivos estuvieran relacionados entre sí en lo que los científicos denominan jerarquías anidadas – como cajas que contienen otras cajas. Y en efecto, esto es lo que observamos en el mundo vivo y en el registro fósil. Cuando estudiamos las características de las especies, estas se agrupan naturalmente en grupos basados en caracteres similares heredados (es decir homologías). Y no sólo se agrupan en un grupo. Se agrupan en grupos dentro de otros grupos que a su vez se insertan en otros grupos… etc – como las cajas. Estas observaciones cobran más sentido si entendemos que, con el paso del tiempo, los linajes se dividen y forman nuevas especies, que a su vez se dividen en más especies, etc, heredando sus rasgos a sus descendientes y generando así la estructura ramificada del árbol de la vida. Abajo se puede ver un ejemplo.

En este árbol evolutivo, los girasoles y las orquídeas se agrupan porque comparten muchas homologías, incluyendo las flores. De la misma forma los pinos y los cipreses comparten muchas homologías incluyendo los conos. Estos dos grupos (plantas con flor y plantas con conos) se agrupan porque todas ellas comparten homologías como la presencia de semillas. Y las plantas que forman semillas después de agrupan con los helechos porque comparten homologías como los estomas (poros especializados en el intercambio de gases). Y así… podríamos continuar con todo el Árbol de la Vida.

No tendría por qué ser así. Podría ser que cada especie tuviese una variedad aleatoria de caracteres y que no hubiese una manera obvia de agruparlas. Pero eso no es lo que observamos. De hecho, es bastante fácil agrupar a la mayoría de organismos en jerarquías anidadas. Esto fue reconocido por científicos como Lineo mucho tiempo antes de que Darwin propusiera un modelo para explicar este patrón: que los organismos en el Árbol de la Vida son descendientes modificados de ancestros comunes. La ancestría común es evidente cuando examinamos la distribución de los rasgos en los seres vivos.