El ambiente puede imponer una barrera externa a la reproducción, como un río o una cordillera, entre dos especies incipientes, pero esa barrera externa por sí sola no las convierte en especies individuales hechas y derechas. La alopatría puede comenzar el proceso, pero es necesario un desarrollo de barreras internas (es decir, con una base genética) para el flujo génico para que la especiación sea completa. Si no aparecen bareras para el flujo génico, los individuos de las dos partes de la población se aparearán libremente entre ellos si vuelven a entrar en contacto y cualquier diferencia genética que se hubiera producido desaparecerá al volver a mezclarse sus genes. La especiación requiere que las dos especies incipientes sean incapaces de producir descendencia viable juntas o que eviten aparearse con miembros del otro grupo.
Estas son algunas de las barreras para el flujo génico que pueden contribuir a la especiación y que son el resultado de la selección natural, la selección sexual e, incluso, la deriva genética:
- El desarrollo de un lugar, un momento o un ritual de apareamiento diferentes:
Los cambios con base genética en estos aspectos del apareamiento podrían completar el proceso de aislamiento reproductivo y la especiación. Por ejemplo, los pájaros jardineros (debajo) construyen emparrados elaborados y los decoran con distintos colores para atraer a las hembras. Si dos especies incipientes desarrollaran diferencias en este ritual de apareamiento, podrían quedar aisladas permanentemente y se completaría el proceso de especiación. - Falta de «ajuste» entre los órganos sexuales:
Es difícil de imaginar para nosotros, pero se trata de un asunto importante para los insectos con genitales de formas variables. - Inviabilidad o esterilidad de la descendencia:
Todo ese cortejo y apareamiento será en vano si los descendientes de los apareamientos entre los dos grupos no sobreviven o no pueden reproducirse.
En nuestro ejemplo de las moscas-de-la-fruta-en-plátanos-en-putrefacción-en-un-huracán, la alopatría comenzó el proceso de especiación, pero la diferencia de las presiones selectivas en la isla hicieron que la población de la isla se diferenciara genéticamente de la población continental.
¿Cuál pudo ser la causa de esta divergencia? Es posible que las frutas que abundaban en la isla fueran distintas y la población isleña se seleccionara para especializarse en un tipo de fruta determinado y desarrollara una preferencia alimentaria diferente de la de las moscas continentales.
¿Podría esta pequeña diferencia ser una barrera para el flujo génico con las moscas del continente? Sí. Si las moscas encuentran parejas pasando el tiempo en los alimentos preferidos luego, si vuelven al continente, acabarán por no aparearse con las moscas continentales debido a esta preferencia de alimento diferente. El flujo génico disminuiría en gran medida, y una vez que el flujo génico entre las dos especies cesa o disminuye, pueden acumularse diferencias génicas mayores entre las especies.