Entender una filogenia se parece mucho a leer un árbol genealógico. La raíz del árbol representa el linaje ancestral, y los extremos de las ramas representan los descendientes de ese antepasado. Al moverte desde la raíz a las puntas, estás avanzando en el tiempo.

Cuando un linaje se divide (especiación), se representa como una ramificación en la filogenia. Cuando hay un suceso de especiación, un único linaje ancestral da lugar a dos o más linajes descendientes.

Las filogenias siguen la pista a los patrones de ascendencia compartidos por los linajes. Cada linaje tiene una parte de historia que es única y otras partes que son compartidas con otros linajes.

De igual manera, cada linaje tiene antepasados únicos de ese linaje y antepasados compartidos con otros linajes — los antepasados comunes.

Un clado es una agrupación que contiene un antepasado común y todos los descendientes (vivos y extintos) de ese antepasado. Con una filogenia, es fácil decir si un grupo de linajes forma un clado. Imagina que corta una rama de la filogenia — todos los organismos de esa rama podado forman un clado.

Los clados están encajados unos dentro de otros, formando una. Un clado puede estar formado por muchos miles de especies o sólo por unas pocas. En las filogenias debajo, se señalan algunos ejemplos de clados a diferentes niveles. Fíjate en cómo los clados están encajados dentro de clados más grandes.

Hasta el momento, hemos dicho que las puntas de una filogenia representan los linajes descendientes. Sin embargo, en función de cuántas ramas del árbol estés incluyendo, los decendientes de las puntas pueden ser poblaciones diferentes de una especie, distintas especies, o distintos clados, cada uno compuesto por muchas especies.