Si la relación entre dos especies es muy cercana, pueden experimentar especiación en paralelo. Se la llama coespeciación, y es especialmente probable que ocurra entre los parásitos y sus hospedadores.

Para ver cómo funciona, imagina una especie de piojo que vive en una especie de ardilla terrestre. Cuando las ardillas se unen para aparearse, el piojo tiene la oportunidad de cambiar de ardilla y, quizás, aparearse con un piojo de otra ardilla. El cambio de ardilla terrestre permite que los genes fluyan en la especie de piojos.

Considera qué le ocurre al piojo si el linaje de ardilla terrestre se divide en los linajes A y B:

1. El piojo tiene pocas oportunidades de cambiar de ardilla, y el piojo de la ardilla del linaje A no se aparea con el piojo que vive en la ardilla del linaje B.
2. Este aislamiento «geográfico» de los linajes de piojos puede hacer que lleguen a estar también aislados reproductivamente y, por lo tanto, a ser especies independientes.

Los biólogos evolutivos a menudo pueden decir cuándo los linajes han experimentado coespeciación, ya que la filogenia del parásito «reflejará» la filogenia del hospedador.

Este ejemplo está algo idealizado, ya que es muy raro que los científicos encuentren hospedadores y parásitos cuyas filogenias coincidan exactamente. Sin embargo, a veces las filogenias indican que sí que hubo coespeciación, junto con algún cambio de hospedador.