En varias ocasiones, en el pasado, los biólogos se han comprometieron la idea errónea de que la vida podía organizarse en una escalera desde los organismos inferiores hasta los superiores. Esta idea la encontramos en el corazón de la gran cadena del ser de Aristóteles (vér a la derecha).

De forma parecida, es fácil malinterpretar que las filogenias implican que unos organismos son «superiores» a otros; sin embargo, las filogenias no implican esto en absoluto.

En esta filogenia muy simplificada, tuvo lugar un suceso de especiación que originó dos linajes. Uno dio lugar a los musgos actuales y el otro a los helechos, pinos, y rosas. Desde ese suceso de especiación, ambos linajes han tenido el mismo lapso de tiempo para evolucionar. Por lo tanto, aunque la ramificación de los musgos se produjo temprano en el árbol de la vida y comparten muchas características con el antepasado de todas las plantas terrestres, los musgos que viven en la actualidad no son ancestros de otras plantas terrestres, ni son más primitivos que ellas. Los musgos son los primos de las otras plantas terrestres.

Por lo tanto, es importante tener tres cosas en mente cuando se lee una filogenia:

1. La evolución produce una estructura de relaciones, entre linajes que es similar a un árbol, no a una escalera.
2. Simplemente porque tendamos a leer las filogenias de izquierda a derecha, no significa que haya una correlación con el grado de «progreso

En cada suceso de especiación de una filogenia, la elección de qué linaje va a la derecha y cuál va a la izquierda es arbitraria. Las siguientes filogenias son equivalentes:Los biólogos a menudo sitúan el clado en el que están más interesados (ya sean murciélagos, chinches, o bacterias) en el lado derecho de la filogenia.

Ideas equivocadas sobre los seres humanos

La mayoría de los problemas causados por los puntos descritos anteriormente vienen cuando se trata de la evolución humana. La filogenia de las especies vivas emparentadas con nosotros más estrechamente tiene este aspecto:

Es importante recordar que:

1. Los seres humanos no evolucionaron a partir de los chimpancés. Los seres humanos y los chimpancés son primos evolutivos y comparten un antepasado común reciente que no era ni un chimpancé ni un ser humano.
2. Los seres humanos no son «superiores» ni están «más evolucionados» que otros linajes vivos. Desde que nuestros linajes se separaron, en los seres humanos y los chimpancés han evolucionados caracteres exclusivos de sus propios linajes.