La especiación es un suceso de formación de linajes que produce dos o más especies diferentes. Imagina que estás mirando la punta del árbol de la vida que forma una especie de mosca de la fruta. Si vas hacia abajo en la filogenia hasta donde la ramita de la mosca de la fruta se conecta con el resto del árbol, ese punto de ramificación, y todos los demás puntos de ramificación del árbol, es un suceso de especiación. En ese punto los cambios genéticos produjeron dos linajes diferentes de moscas de la fruta, donde anteriormente había sólo un linaje. Pero, ¿por qué y cómo sucedió?

Los puntos de ramificación de esta filogenia parcial de Drosophila representan sucesos de especiación que sucedieron hace mucho tiempo. He aquí un supuesto que ejemplifica cómo puede suceder la especiación:

• El escenario: una población de moscas de la fruta silvestres está a lo suyo en varios racimos de plátanos en putrefacción, poniendo sus huevos alegremente en la blanda fruta …
• Ocurre un desastre: un huracán arrastra hasta el mar los plátanos y las moscas de la fruta inmaduras que contienen. El racimo de plátanos finalmente es arrastrado hasta una isla alejada de la costa del continente. Las moscas de la fruta maduran y emergen de su nido viscoso a la isla solitaria. Las dos partes de la población, la continental y la insular, están demasiado alejadas para que el flujo génico las una. En este punto todavía no se ha producido especiación: cualquier mosca de la fruta que volviera al continente podría aparearse con las moscas del continente y producir descendientes sanos.
• Las poblaciones divergen: las condiciones ecológicas son ligeramente diferentes en la isla, por lo que la población isleña evoluciona bajo presiones selectivas diferentes y experimenta sucesos aleatorios distintos que la población continental. La forma, las preferencias de alimentación y las exhibiciones de cortejo cambian durante el transcurso de muchas generaciones de selección natural.
• Nos volvemos a encontrar: cuando otra tormenta vuelve a introducir las moscas isleñas en el continente, no se aparearán fácilmente con las moscas del continente, ya que habrán desarrollado comportamientos de apareamiento diferentes. Las pocas que sí que se apareasen con las moscas del continente producirían huevos inviables debido a otras diferencias genéticas entre las dos poblaciones. El linaje se ha separado ahora que los genes ya no pueden fluir entre las poblaciones.

Este es un modelo simplificado de la especiación por aislamiento geográfico, pero da una idea de alguno de los procesos que pueden actuar en la especiación. En la mayoría de los casos reales sólo podemos recrear parte de la historia con los datos disponibles. Sin embargo, las pruebas de que este tipo de procesos sucede en realidad son contundentes.