El desarrollo es el proceso por el cual un óvulo fertilizado, el primer estadio de un embrión, se convierte en un organismo adulto. Mediante el desarrollo, el genotipo de un organismo se expresa dando lugar al fenotipo, exponiendo a los genes y a los elementos genéticos que controlan su expresión a la acción de la selección natural. La variabilidad genética de los genes que afectan al desarrollo parece que ha jugado un papel importante en la evolución.

Explican cambios evolutivos importantes

Los cambios en los genes que regulan el desarrollo pueden tener efectos importantes en las características morfológicas del organismo adulto. Dado que estos efectos son tan significativos, los científicos sospechan que los cambios en los genes del desarrollo han contribuido a las transformaciones evolutivas a gran escala. Los cambios en el desarrollo pueden ayudar a explicar, por ejemplo, cómo algunos mamíferos ungulados se volvieron moradores de los océanos, cómo las plantas acuáticas invadieron la tierra y cómo pequeños invertebrados acorazados adquirieron alas.

>Los procesos de desarrollo también pueden limitar el tipo de fenotipos a los que la variabilidad genética puede llevar, y de esta manera puede impedir la evolución de ciertos caracteres en ciertos linajes. Por ejemplo, el desarrollo nos puede ayudar a explicar por qué no hay tetrápodos con verdaderos seis dedos entre las especies vivas.

Nos enseña historia evolutiva

Además, el desarrollo de un organismo puede contener pistas sobre su historia que pueden ayudar a los biólogos a construir los árboles evolutivos (filogenéticos). Por ejemplo, la relación entre los dólares de arena y un grupo raro de erizos de mar llamados cassiduloides  fue durante un tiempo un enigma. Los dos grupos se parecen mucho, por lo que parecería que están muy cercanos, sin embargo, los dólares de arena tienen una estructura de mandíbula muy complicada (llamada linterna) de la que los cassiduloides carecen. ¿Pueden ser parientes cercanos con semejante diferencia? La respuesta resultó ser que sí. Los científicos descubrieron que los embriones en desarrollo de los cassiduloides pasan por ciertas fases de su desarrollo embrionario en las que tienen linterna, y se pierde en los adultos. Los dólares de arena y los cassiduloides tienen más en común de lo que uno puede pensar viendo solamente sus formas adultas, y por tanto ocupan la misma rama del árbol de la vida de la familia de los erizos.